En 1966, el presidente Illia es derrocado por el ejército, con el apoyo de ciertos sectores conservadores, el peronismo, los medios de comunicación y la indiferencia de grandes sectores de la población. Había asumido 3 años antes, con solo el 25% de los votos, ya que debido a la proscripción del Peronismo, la abstención y el voto en blanco fueron muy altos. Illia fue un presidente progresista, pero débil políticamente.
El 29 de junio de 1966, el general Juan Carlos Ongania asume como presidente de facto y al mes de asumir, interviene todas las facultades del país, antes las protestas, ordena una represión, especialmente en la UBA.
Cientos de profesores universitarios, algunos de los mejores que tenía el país, renunciaron o fueron despedidos y tuvieron que exiliarse.
Con la intervención del gobierno militar a las universidades se aplicó una estricta censura en los contenidos de enseñanza universitaria y se desmanteló un proyecto reformista de universidad científica de excelencia, sobre la base de la estrecha vinculación entre investigación y docencia.
